Index

A

add_segment() (psfgen.PsfGen method)

alias_atom() (psfgen.PsfGen method) alias_residue() (psfgen.PsfGen method)

C

case_sensitive (psfgen.PsfGen attribute)

D

delete_atoms() (psfgen.PsfGen method)

G

get_atom_indices() (psfgen.PsfGen method) get_atom_names() (psfgen.PsfGen method) get_charges() (psfgen.PsfGen method) get_coordinates() (psfgen.PsfGen method) get_first() (psfgen.PsfGen method) get_last() (psfgen.PsfGen method) get_masses() (psfgen.PsfGen method)

get_patches() (psfgen.PsfGen method) get_resids() (psfgen.PsfGen method) get_residue_types() (psfgen.PsfGen method) get_resname() (psfgen.PsfGen method) get_segids() (psfgen.PsfGen method) get_topologies() (psfgen.PsfGen method) get_velocities() (psfgen.PsfGen method) guess_coords() (psfgen.PsfGen method)

P

patch() (psfgen.PsfGen method)

PsfGen (class in psfgen)

Q

query_segment() (psfgen.PsfGen method)

R

read_coords() (psfgen.PsfGen method) read_psf() (psfgen.PsfGen method) read_topology() (psfgen.PsfGen method)

regenerate_angles() (psfgen.PsfGen method) regenerate_dihedrals() (psfgen.PsfGen method) regenerate_resids() (psfgen.PsfGen method)

S

set_atom_name() (psfgen.PsfGen method) set_beta() (psfgen.PsfGen method) set_charge() (psfgen.PsfGen method) set_mass() (psfgen.PsfGen method)

set_position() (psfgen.PsfGen method) set_resname() (psfgen.PsfGen method) set_segid() (psfgen.PsfGen method) set_velocity() (psfgen.PsfGen method)

W

write_namdbin() (psfgen.PsfGen method)

write_pdb() (psfgen.PsfGen method) write_psf() (psfgen.PsfGen method)